一、土地增值税清算后又有补交的土地出让金如何处理？
达到清算期限时，成本未取得等原因，先按又取得的成本计算缴纳土地增值税。
后期重新取得成本发票，只要是真实的，可重新清算，退税当然也是可以的。不过要和税务管理员联系沟通。
二、土地增值税清算时置换房产的成本是否是含税
不含。土地增值税成本不含税税收征管所说的收入、成本等指标，均为不含税。所以，土地开发成本是不含增值税的。
三、土地增值税清算 不可售面积分摊成本吗？
土地增值税清算过程中，用已售面积除以全部可售面积计算清算比率。如果不可售面积是属于全体业主所有，不可售面积可以正常分摊成本，用于计算扣除项目成本。
四、土地增值税清算后发生的支出如何处理？
土地增值税相关政策规定，对非营利的公共配套设施，组成房地产开发成本，应当在计算土地增值税时予以扣除，同时可作为房地产开发费用定率扣除的基数，还可以作为房地产开发企业加计扣除的基数。如果非营利的公共配套设施属多个开发项目共有，对后续发生的房地产开发成本应当按该房地产开发项目的建筑面积占总建筑面积或其他合理的方法进行分摊。但《土地增值税暂行条例实施细则》第8条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算；国税发〔2006〕187号文件规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。也就是说，土地增值税是以一个清算单位进行的清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用是不得从其他的房地产开发项目中扣除的。
所以，你公司在一个清算单位的土地增值税清算之后发生的后续支出，如果是属于该清算单位扣除范围的，应提供相关资料，申请税务机关重新启动原有清算单位的土地增值税清算程序，变更原清算结果，对原多缴的土地增值税可以依法申请税务机关退还。
五、土地增值税清算后发生的支出如何处理？
土地增值税相关政策规定，对非营利的公共配套设施，组成房地产开发成本，应当在计算土地增值税时予以扣除，同时可作为房地产开发费用定率扣除的基数，还可以作为房地产开发企业加计扣除的基数。如果非营利的公共配套设施属多个开发项目共有，对后续发生的房地产开发成本应当按该房地产开发项目的建筑面积占总建筑面积或其他合理的方法进行分摊。但《土地增值税暂行条例实施细则》第8条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算；国税发〔2006〕187号文件规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。也就是说，土地增值税是以一个清算单位进行的清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用是不得从其他的房地产开发项目中扣除的。
所以，你公司在一个清算单位的土地增值税清算之后发生的后续支出，如果是属于该清算单位扣除范围的，应提供相关资料，申请税务机关重新启动原有清算单位的土地增值税清算程序，变更原清算结果，对原多缴的土地增值税可以依法申请税务机关退还。
六、土地增值税清算项目如何确定？
一、根据国务院令第138号《中华人民共和国土地增值税暂行条例》
第八条土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。
二、根据国税发[2006]187号之规定：
一、土地增值税的清算单位
土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。?
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。?
三、根据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）
第二十九条规定，企业开发、建造的开发产品应按制造成本法进行计量与核算。
其中，应计入开发产品成本中的费用属于直接成本和能够分清成本对象的间接成本，直接计入成本对象，共同成本和不能分清负担对象的间接成本，应按受益的原则和配比的原则分配至各成本对象具体分配方法可按以下规定选择其一：
（一）占地面积法。指按已动工开发成本对象占地面积占开发用地总面积的比例进行分配。
1.一次性开发的，按某一成本对象占地面积占全部成本对象占地总面积的比例进行分配。
2.分期开发的，首先按本期全部成本对象占地面积占开发用地总面积的比例进行分配，然后再按某一成本对象占地面积占期内全部成本对象占地总面积的比例进行分配。
期内全部成本对象应负担的占地面积为期内开发用地占地面积减除应由各期成本对象共同负担的占地面积。
（二）建筑面积法。指按已动工开发成本对象建筑面积占开发用地总建筑面积的比例进行分配。
1.一次性开发的，按某一成本对象建筑面积占全部成本对象建筑面积的比例进行分配。
2.分期开发的，首先按期内成本对象建筑面积占开发用地计划建筑面积的比例进行分配，然后再按某一成本对象建筑面积占期内成本对象总建筑面积的比例进行分配。
（三）直接成本法。指按期内某一成本对象的直接开发成本占期内全部成本对象直接开发成本的比例进行分配。
（四）预算造价法。指按期内某一成本对象预算造价占期内全部成本对象预算造价的比例进行分配。
第三十条规定，企业下列成本应按以下方法进行分配：
（一）土地成本，一般按占地面积法进行分配。如果确需结合其他方法进行分配的，应商税务机关同意。
土地开发同时连结房地产开发的，属于一次性取得土地分期开发房地产的情况，其土地开发成本经商税务机关同意后可先按土地整体预算成本进行分配，待土地整体开发完毕再行调整。
（二）单独作为过渡性成本对象核算的公共配套设施开发成本，应按建筑面积法进行分配。
（三）借款费用属于不同成本对象共同负担的，按直接成本法或按预算造价法进行分配。
（四）其他成本项目的分配法由企业自行确定。
据此可以确定，贵公司的土地成本投入应当按照两个成本核算对象的占地面积进行分配，借款费用利息按直接成本法或预算造价法进行分配；基础设施费、配套设施费、开发间接费属于直接成本和能够分清成本对象的间接成本，直接计入成本对象，共同成本和不能分清负担对象的间接成本，应按受益的原则和配比的原则分配在两个成本对象之间进行分配。
两个成本对象之间一次分配后，每个成本项目汇总金额还需要在各自的具体成本核算单位例如各楼号、住宅、商铺等之间进行明细分类核算。
看《税法》吧，这么难！
一、根据国务院令第138号《中华人民共和国土地增值税暂行条例》
第八条土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。
二、根据国税发[2006]187号之规定：
一、土地增值税的清算单位
土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。�
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。�
三、根据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）
第二十九条规定，企业开发、建造的开发产品应按制造成本法进行计量与核算。
其中，应计入开发产品成本中的费用属于直接成本和能够分清成本对象的间接成本，直接计入成本对象，共同成本和不能分清负担对象的间接成本，应按受益的原则和配比的原则分配至各成本对象具体分配方法可按以下规定选择其一：
（一）占地面积法。指按已动工开发成本对象占地面积占开发用地总面积的比例进行分配。
1.一次性开发的，按某一成本对象占地面积占全部成本对象占地总面积的比例进行分配。
2.分期开发的，首先按本期全部成本对象占地面积占开发用地总面积的比例进行分配，然后再按某一成本对象占地面积占期内全部成本对象占地总面积的比例进行分配。
期内全部成本对象应负担的占地面积为期内开发用地占地面积减除应由各期成本对象共同负担的占地面积。
（二）建筑面积法。指按已动工开发成本对象建筑面积占开发用地总建筑面积的比例进行分配。
1.一次性开发的，按某一成本对象建筑面积占全部成本对象建筑面积的比例进行分配。
2.分期开发的，首先按期内成本对象建筑面积占开发用地计划建筑面积的比例进行分配，然后再按某一成本对象建筑面积占期内成本对象总建筑面积的比例进行分配。
（三）直接成本法。指按期内某一成本对象的直接开发成本占期内全部成本对象直接开发成本的比例进行分配。
（四）预算造价法。指按期内某一成本对象预算造价占期内全部成本对象预算造价的比例进行分配。
第三十条规定，企业下列成本应按以下方法进行分配：
（一）土地成本，一般按占地面积法进行分配。如果确需结合其他方法进行分配的，应商税务机关同意。
土地开发同时连结房地产开发的，属于一次性取得土地分期开发房地产的情况，其土地开发成本经商税务机关同意后可先按土地整体预算成本进行分配，待土地整体开发完毕再行调整。
（二）单独作为过渡性成本对象核算的公共配套设施开发成本，应按建筑面积法进行分配。
（三）借款费用属于不同成本对象共同负担的，按直接成本法或按预算造价法进行分配。
（四）其他成本项目的分配法由企业自行确定。
据此可以确定，贵公司的土地成本投入应当按照两个成本核算对象的占地面积进行分配，借款费用利息按直接成本法或预算造价法进行分配；基础设施费、配套设施费、开发间接费属于直接成本和能够分清成本对象的间接成本，直接计入成本对象，共同成本和不能分清负担对象的间接成本，应按受益的原则和配比的原则分配在两个成本对象之间进行分配。
两个成本对象之间一次分配后，每个成本项目汇总金额还需要在各自的具体成本核算单位例如各楼号、住宅、商铺等之间进行明细分类核算。
财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》[财税字[1995]048号]规定，对纳税人既建普通标准住宅又从事其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用有关免税规定。
因为普通住宅部分， 增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税，因此有上述规定。
这样房地产企业其实就有了一定的筹划空间，看看是分别核算好还是不分别核算好。于是，有些主管税务机关会统一规定必须分别核算。所以还是要与主管税务机关进一步咨询为好。
