一、运输企业开增值税专用发票税率是多少？
货物运输增值税专用发票一般纳税人只能开11%的，如果是小规模纳税人，则需要到税局代开，征收率为3%
从事物流行业的企业，除货物运输业务外，还可以有辅助服务，该项业务税率为6%，但开出的发票不是货物运输专用发票，而是常见的增值税专用发票。
运输发票票面金额除以1+11%后的值，再乘以11%计算出运输发票税额。
所以，计算时用公式：票面金额/（1+11%）*11%计算出税额。
如果是小规模纳税人，则按3%征收率计算，计算方式原理同一般纳税人。小规模纳税人与一般纳税人在发票上的主要区别是，其货物运输业增值税专用发票不能自己开具，需要到税局申请代开。
国家税务总局《关于停止使用货物运输业增值税专用发票有关问题的公告》2016年99号文规定，货物运输业增值税专用发票最迟只能使用到2016年6月30日，之后一般纳税人提供货物运输服务，需要使用增值税专用发票和增值税普通发票，并明确规定了开具时候应该将起运地、到达地、车种车号及运输信息等内容填写在发票备注栏中，如果内容较多可另附清单。
扩展资料
运输发票税额：对增值税一般纳税人外购货物或销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用（代垫运费除外），根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依10%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。
扣除率：10%；不得计算项：装卸费、保险费等其他杂费；除外项：代垫运费。
二、增值税专用发票开具运输票怎么开？
增值税专用发票运输发票 的开具不同于销售货物的增值税专用发票的填开 ，首先，在开票软件里的客户编码族里输入要开票的客户信息，在商品编码族里输入运输点保存，然后进入开具增值税专用发票界面，选择已输好的信息，填写运输费金额，选择9%的税率，然后在发票的备注栏需填写此运输费起始地，目的地，车牌号，运输的货物名称等。
三、货物运输业增值税专用发票有什么规定？
根据《国家税务总局关于在全国开展营业税改征增值税试点有关征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2013年第39号）第4条规定，①一般纳税人提供应税货物运输服务，使用货运专票；提供其他增值税应税项目、免税项目或非增值税应税项目的，不得使用货运专票。
②货运专票中“承运人及纳税人识别号”栏填写提供货物运输服务、开具货运专票的一般纳税人信息；“实际受票方及纳税人识别号”栏填写实际负担运输费用、抵扣进项税额的一般纳税人信息；“费用项目及金额”栏填写应税货物运输服务明细项目及不含增值税的销售额；“合计金额”栏填写应税货物运输服务项目不含增值税的销售额合计；“税率”栏填写增值税税率；“税额”栏填写按照应税货物运输服务项目不含增值税的销售额和适用税率计算得出的增值税额；“价税合计（大写）（小写）”栏填写不含增值税的销售额和增值税额的合计；“机器编号”栏填写货运专票税控系统税控盘编号。
③税务机关在代开货运专票时，货运专票税控系统在货运专票左上角自动打印“代开”字样；“税率”栏填写小规模纳税人增值税征收率；“税额”栏填写按照应税货物运输服务项目不含增值税的销售额和小规模纳税人增值税征收率计算得出的增值税额；“备注”栏填写税收完税凭证号码；其他栏次内容与第4条第（二）项相同。
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